L’inspecteur Erlendur(Ingvar Eggert Sigurðsson) enquête à Reykjavik sur le meurtre d’un homme âgé. On retrouve chez la victime une photo de la tombe d’une petite fille. Cette troublante découverte réveille une vieille affaire de quarante ans. L’enquête emmène l’inspecteur vers Jar City (la cité des jarres), grande collection de bocaux renfermant des organes humains, représentant un impressionnant fichier génétique de la population islandaise.

Hildur (Ragnhildur Steinunn Jónsdóttir) travaille à la concession automobile de son petit-ami Jolli (Davíð Þór Jónsson). Lorsque celui-ci est fait arrêté pour malversations, Hildur est complètement désemparée, elle se retrouve sans travail et sans logis. Elle se rend alors chez son amie Björt (Sara Guðmundsdóttir) qui vit avec son fils Snorri.
Hildur trouve un travail dans un magasin de BD et de jeu de rôle où elle emmène Snorri. Elle découvre alors un tout nouveau monde, différent de l’éclatant bling bling auquel elle était habituée, plus humain et plus chaleureux. Ses collègues et amis l’initient aux RPG (role play games).